酒泉敦煌种业百佳食品有限公司是由甘肃省敦煌种业集团股份有限公司和山东百佳食品有限公司于2008年4月15日共同投资组建的，公司现有注册资本4386万元。公司主要从事脱水果蔬、可食用植物及其种子在内的各种调味品、食品和食品配料以及相关产品的种植、加工、销售和国际贸易进出口业务。年销售额1.26亿元，出口创汇1500多万美元，98%的产品出口欧洲和美国市场。

　　甘肃省敦煌种业果蔬制品有限公司成立于2005年8月，注册资金3350万元，占地面积72亩，是甘肃省敦煌种业集团股份有限公司子公司，是敦煌种业上市募集资金重点项目之一。公司主营番茄粉的生产、加工、销售。产品的95%用于出口，是一家集果蔬制品的科研、生产、加工、销售为一体的外向型农产品精深加工的高新技术企业。

　　甘肃省敦煌种业农产品贸易有限公司成立于2016年7月28日，公司主要经营：棉花、棉籽、短绒、棉壳、棉纱的收购、销售；农作物、农副产品、土特产品、化肥、地膜、粕类、牧草、玉米、食用油脂、葵花籽、葫芦籽、辣椒、孜然、洋葱、枣、枸杞、干果系列的批发、零售；货物的仓储服务；货物运输服务；货物的进出口业务（依法需经批准的项目，经相关部门批准后方可开展经营活动）。公司利用敦煌种业现有产品、市场和社会资源，坚持以农副产品贸易为主导方向，充分挖掘、利用当地和新疆优质农产品资源做好大贸易平台，通过农副产品贸易、仓储、物流、电子商务、进出口业务等促进相关产业的发展。

　　玉门拓璞科技开发有限责任公司成立于2003年，是一家集啤酒花的种植，初加工，精加工为一体的专业化啤酒花企业，2010年与甘肃敦煌种业集团股份有限公司成功合资合作，公司现有注册资金4000万元。多年来，公司秉承“科技领先，用户至上，开拓创新，强企富民”的经营理念，引进国外先进的技术与装备，发展啤酒花优良品种，创新啤酒花保鲜加工工艺，其主导产品，“绿色金牌”，“金牌高酸”及酒花浸膏制品受到广大啤酒企业的好评。

　　酒泉敦煌种业农产品仓储有限公司为甘肃省敦煌种业集团股份有限公司全资子公司，是中国储备棉管理总公司确定的2011年度棉花临时收储代储库，并于2011年11月1日正式开库竞拍，并被列为国家棉花代储库。